Năm 1299, vua Trần Nhân Tông sau khi xuất gia tu hành ở hành cung Vũ Lâm (Ninh Bình) đã dời về Yên Tử, sáng lập dòng Phật giáo Trúc Lâm thuần Việt, có ý nghĩa to lớn và sức sống trường tồn với lịch sử dân tộc. Dấu tích tu hành của Ngài giờ đây vẫn còn hiện hữu ở nhiều di tích chùa tháp của Yên Tử.
Qua tìm hiểu có thể thấy, hầu hết các ngôi chùa ở khu di tích - danh thắng Yên Tử hiện nay (thuộc Quần thể di tích - danh thắng Yên Tử - Vĩnh Nghiêm - Côn Sơn, Kiếp Bạc đã được công nhận là Di sản văn hóa thế giới) đều có những câu chuyện gắn với cuộc đời, sự nghiệp của vua Trần Nhân Tông, như: Chùa Lân, chùa Giải Oan, chùa Hoa Yên, chùa Một Mái, chùa Bảo Sái, Vân Tiêu... Các ngôi chùa có khởi phát từ thời Lý, thời Trần, được xây dựng ở những vị trí đẹp theo thuyết phong thủy và tiếp tục được tu bổ, tôn tạo vào những đời sau.
Trong đó, chùa Lân được xây dựng từ thời Trần, là một trong những trung tâm tu hành của các Thiền sư và là điểm dừng chân của các phật tử trên đường lên núi Yên Tử. Ngôi chùa này còn gắn với giấc mơ của Phật Hoàng cưỡi rồng, nơi rồng hiện khi Ngài ngủ lại đây trên đường vào Yên Tử tu hành. Vào thời Trần, chùa cũng là nơi Đệ nhị Tổ Pháp Loa và Đệ tam Tổ Huyền Quang từng thuyết pháp cho hàng ngàn người. Khi khai quật khảo cổ tại đây vào năm 2001, 2006, các nhà khoa học đã phát hiện nền móng chùa, tháp đất nung thời Trần và nhiều di vật của triều Trần cũng như sau này.
Chùa Giải Oan gắn với sự tích Phật Hoàng Trần Nhân Tông lập đàn giải oan cho những cung nữ đã trầm mình dưới suối vì không khuyên can được nhà vua xuất gia. Ngôi chùa này vốn tồn tại như một tịnh thất từ thời Lý (thế kỷ XI-XII), được xây cất vào thời Trần và đóng vai trò là cửa ngõ vào hệ thống chùa Hoa Yên trên núi Yên Tử trong các thời kỳ sau này.
Chùa Hoa Yên được xem là ngôi chùa cả của hệ thống chùa ở Yên Tử. Chùa khởi từ một tịnh thất vào thời Lý, nơi các tổ đời đầu của dòng thiền Yên Tử tu hành, sau này là nơi Phật Hoàng Trần Nhân Tông tu hành, giác ngộ và giảng đạo cho các đệ tử. Chùa được Đệ nhị Tổ Pháp Loa xây dựng và mở rộng tráng lệ vào thời Trần.
Các vườn tháp Huệ Quang và Hòn Ngọc là nơi an nghỉ của nhiều thế hệ thiền sư phái Trúc Lâm; trong đó tháp Huệ Quang do vua Trần Anh Tông và Đệ nhị Tổ Pháp Loa xây vào năm 1309, là nơi lưu giữ xá lỵ của Phật Hoàng Trần Nhân Tông sau khi Ngài viên tịch năm 1308. Chùa Hoa Yên tọa lạc trên một dông núi lớn và hùng vĩ trên núi Yên Tử. Đặc biệt, chùa và vườn tháp Huệ Quang nằm ở thế đất “đầu rồng”, và xá lỵ của Phật Hoàng được lưu giữ trong “hàm rồng”, bên cạnh là hai hồ nước tựa “mắt rồng”.
Chùa Một Mái nằm cách chùa Hoa Yên chỉ khoảng 200m về phía Đông, là nơi Phật Hoàng đọc sách, soạn kinh. Nơi đây vốn là mái đá tự nhiên được Ngài sử dụng làm thiền thất, sau khi Phật Hoàng nhập niết-bàn, người đời sau mới xây cất thành chùa. Chùa nằm trên sườn núi, nửa ẩn trong vách đá, nửa lộ thiên và có mái che, tĩnh lặng và tách biệt với trần thế.
Chùa Vân Tiêu là nơi Phật Hoàng và các đệ tử ở, tu tập, đào tạo tăng tài và biên soạn nhiều tác phẩm quan trọng nhất của Trúc Lâm Phật giáo; cũng là nơi Phật Hoàng truyền giảng đăng lục cho Đệ nhị Tổ Pháp Loa. Ban đầu đây chỉ là một am thất do Phật Hoàng xây cất, sau này được mở rộng thành một ngôi chùa có vườn tháp, được các triều đại sau trùng tu, tôn tạo nhiều lần. Hay như chùa Bảo Sái là nơi đệ tử Bảo Sái trụ trì, biên tập kinh văn của Phật Hoàng, cũng khởi từ một am nhỏ/vách đá thời Trần.
Các chùa, am tháp này đều cho thấy rõ các thiền sư thời Trần đã thích ứng và khai thác bền vững điều kiện rừng, núi đá Yên Tử như thế nào, hạn chế đến mức thấp nhất trong việc can thiệp và cải tạo địa hình tự nhiên, thể hiện rõ triết lý hòa đồng với tự nhiên của Phật giáo Trúc Lâm.
